宿城區(qū)歷史悠久,據(jù)可考文字記載,已有3000多年建城史。始為遠(yuǎn)古東夷族首領(lǐng)少昊活動地域。春秋時為猶國、鐘吾國一部分,后又相繼為吳、楚國屬地。秦時在此設(shè)下相縣,屬泗水郡。漢魏時屬臨淮郡、下邳郡。公元405年(東晉安帝義熙元年)于下相縣東南置宿預(yù)縣,治所在猶古城(今宿城區(qū)鄭樓鎮(zhèn)古黃河北岸)。南北朝時又多次撤并、復(fù)設(shè)。公元550年,廢下相縣,其轄地歸宿預(yù)縣。公元762年(唐代宗寶應(yīng)元年),為避代宗李豫名諱,改宿預(yù)縣為宿遷縣。唐、宋、元、明、清時,境域均有變動,隸屬關(guān)系也多次變更,先后屬泗州郡、下邳郡、淮安府、徐州府。
辛亥革命時,廢州府制,宿遷直屬江蘇省公署。1927年國民革命軍北伐后,屬淮陰行政督察區(qū)。抗日戰(zhàn)爭時期,中國共產(chǎn)黨在宿遷城周邊建立宿遷縣、宿北縣、泗宿縣、睢宿縣和運(yùn)河特區(qū)5個縣級民主政權(quán)。1945年8月,中共泗宿縣委和縣總隊接管宿遷縣城,在縣城及近郊設(shè)立宿遷市。1949年5月,撤銷泗宿縣和宿遷縣,泗宿縣部分地區(qū)和宿遷市并歸宿遷縣,隸屬淮陰地區(qū)。1983年江蘇省實(shí)行市管縣體制,宿遷縣屬淮陰市。1987年12月5日,國務(wù)院批準(zhǔn)宿遷縣改為宿遷市(縣級),仍屬淮陰市所轄。
宿城區(qū)是1996年9月伴隨地級宿遷市組建而設(shè)立的行政區(qū)域。組建時轄5個鄉(xiāng)鎮(zhèn);2000年5月區(qū)劃調(diào)整后轄2個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、4個街道。2004年3月區(qū)劃調(diào)整,轄14個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、4個街道和1個省級經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)。2013年6月區(qū)劃調(diào)整,轄11個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、4個街道、1個省級經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)和1個省級現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)園;2018年3月區(qū)劃調(diào)整,撤銷宿城區(qū)雙莊鎮(zhèn),設(shè)立宿城區(qū)雙莊街道、支口街道,現(xiàn)轄8個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、7個街道、1個省級經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)和1個省級現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)園,區(qū)域總面積854平方公里。