（一）辦公室（財務審計科）。負責綜合協調機關日常工作；參與重大政策和重大問題的調查研究；指導交通運輸行業體制改革等工作。指導交通運輸行業隊伍建設和精神文明建設；承擔機關和所屬單位的黨的建設、機構編制、組織人事、人才隊伍、新聞宣傳、教育培訓、勞資、職稱和職業資格等工作。承擔財務、會計和審計等工作；負責組織編報部門預決算；承擔交通運輸資金的申請、撥付及使用監管、會計核算工作；指導機關和直屬單位國有資產管理和政府采購工作；負責擬訂局系統內審計工作計劃并組織實施；配合審計部門對局直屬企事業單位行政負責人開展任期及離任責任審計，會同有關部門對區直交通運輸系統專項資金運行撥付、各項交通規費收支以及交通重點工程項目決算進行審計。

（二）綜合計劃科（建設管理科、鐵路建設科）。組織統籌全區綜合運輸體系和地方鐵路、公路、航道、港口、民用機場、農村公路等發展規劃編制及相關前期工作，制定年度計劃；負責交通運輸行業統計分析等工作。貫徹執行交通建設管理、社會信用體系建設、招標投標等相關法律法規，結合實際制定實施辦法并監督實施；承擔交通基礎設施建設管理等工作。

（三）綜合運輸科（行政審批科、區國防動員委員會交通戰備辦公室）。承擔公路、鐵路、水路、航空等運輸方式的銜接和協調服務工作；牽頭負責全區道路、水路運輸發展和管理工作，承擔城鄉、鎮村客運管理工作；負責道路、水路運輸及交通物流業發展戰略、規劃、政策、標準的擬訂和監督實施。組織編制交通運輸行業科技與信息化發展戰略、規劃和計劃；指導并監督交通運輸行業質量、技術、節能減排等工作。負責公路、水路運輸安全生產綜合監督和突發事件安全管理、應急管理等工作；組織擬定并監督實施公路、水路安全生產應急預案；依法組織或參與事故調查處理工作；指導有關安全生產和應急處置體系建設，監督局屬單位安全監管工作。負責全區國防交通戰備動員工作。承擔交通運輸行政許可工作；組織起草交通運輸規范性文件；承擔法制宣傳教育等工作；承擔規范性文件的合法性審查；承擔行政復議、行政訴訟等工作。